Em 1991, após fazer bastante barulho na cena independente americana com o grupo Pussy Galore, Jon Spencer (vocais/guitarra) formou o The Jon Spencer Blues Explosion com o guitarrista Judan Bauer e o baterista Russel Simins. Apesar do que o nome pode sugerir, o blues é apenas um dos diversos elementos incorporados ao som do grupo. Noise rock, soul, punk, funk, rap e rockabilly estão entre os gêneros fundidos na música do Blues Explosion (ou simplesmente JSBX), como também costuma ser chamado grupo nova-iorquino.

A fase mais notável do Jon Spencer Blues Explosion aconteceu em meados dos anos 1990, quando a banda lançou vários álbuns pela Matador Records - 'Extra Width' [1993], 'Orange' [1994], 'Now I Got Worry' [1996] e 'Acme' [1998].

Antes de se associar à Matador Records, o JSBX lançou o bootleg 'A Reverse Willie Horton' (1991), o 'The Jon Spencer Blues Explosion' (1992) e 'Crypt Style' (1992). 'The Jon Spencer Blues Explosion' foi o primeiro álbum oficial do trio.

Nos primeiros anos do século XXI, Jon Spencer Blues Explosion lançou 'Plastic Fang' (2002), ainda pela Matador, e 'Damage' (2004), pela Sanctuary Records. 'Damage' foi o primeiro álbum que o grupo lançou usando somente o nome Blues Explosion.

Em 2012, a banda retornou com um novo álbum, 'Meat and Bone' (pelo selo Mom & Pop Music), sob o nome The Jon Spencer Blues Explosion. Seu sucessor, o disco 'Freedom Tower: No Wave Dance Party 2015', foi lançado em março de 2015.